Η Ίδρυση του Πανεπιστημίου Αιγαίου, ιστορικά, έχει τις ρίζες της στα 1918, όταν, στο ευρύτερο πλαίσιο των εθνικών και οικονομικών ανακατατάξεων που ακολούθησαν την ανακωχή του Μούδρου (17-30 Οκτώβρη 1918), η Ελλάδα εξουσιοδοτείται από το Συμβούλιο των Τεσσάρων Μεγάλων Δυνάμεων, τον Απρίλιο του 1919, να καταλάβει στρατιωτικά την περιοχή της Σμύρνης. Τότε ο καθηγητής του Πανεπιστημίου του Βερολίνου, Κωνσταντίνος Καραθεοδωρή, προτείνει την ίδρυση νέου Πανεπιστημίου.
Ενόψει, επομένως, της οριστικοποίησης των κυριαρχικών δικαιωμάτων της Ελλάδας επί της «Ζώνης της Σμύρνης», ο διαπρεπής μαθηματικός υποβάλλει, στις 20 Οκτωβρίου του 1919, «Σχέδιον περί ιδρύσεως νέου πανεπιστημίου εν Ελλάδι, υποβληθέν εις την ελληνικήν Κυβέρνησιν». Προτείνει την ίδρυση Ιωνικού Πανεπιστημίου βασιζόμενος στην επέκταση της ελληνικής επικράτειας και στο αδιαμφισβήτητο δεδομένο ότι ο ελληνικός κόσμος είναι διαμεσολαβητής του σλαβικού και τουρκο-αραβικού κόσμου και του κόσμου της Δύσης. Ο διεθνούς κύρους επιστήμονας θεωρεί ότι η Αθήνα ως το μοναδικό κέντρο παιδείας του Ελληνισμού, δεν επαρκεί πλέον για τις ανάγκες του, ιδιαίτερα ως προς το ανατολικό του σκέλος. Προτείνει δε τρεις πιθανές έδρες για την ίδρυση του νέου Πανεπιστημίου: τη Σμύρνη, τη Θεσσαλονίκη και τη Χίο, με ευάριθμα για το καθένα συνηγορούντα κριτήρια επιλογής.
To Ιδρυτικό Διάταγμα του Πανεπιστημίου Σμύρνης εκδίδεται την 1η Δεκεμβρίου του 1920 (βλ. ΦΕΚ ΕΔΩ) από την Ύπατη Αρμοστεία της Ελλάδας. Επίσημος οργανωτής διορίζεται ο Κωνσταντίνος Στ. Καραθεοδωρής. Τα πρώτα σχέδια προβλέπουν ίδρυση Σχολών που θα σχετίζονται με την αξιοποίηση της περιοχής, ως νευραλγικού σημείου για τον υπερπόντιο ελληνισμό, ενώ στην τελική πορεία των εργασιών το Πανεπιστήμιο κρίνεται εφάμιλλο των μεγάλων ευρωπαϊκών Πανεπιστημίων. Έμβλημα του Ιδρύματος ήταν το Ex oriente lux «εξ ανατολών το φως» και επρόκειτο να λειτουργήσει με βάση ένα σύστημα που αντλούσε τόσο από το αγγλοσαξωνικό όσο και από το γερμανικό πρότυπο. Στόχος του ιδρύματος: η ειρηνική συνύπαρξη των λαών της Ανατολής μέσω της παιδείας.
Μέχρι το 1922 είχαν ολοκληρωθεί οι κτιριακές του εγκαταστάσεις με κόστος 110.000 τουρκικών λιρών. Περιλάμβανε 70 αίθουσες διαλέξεων, αμφιθέατρο, εργαστήρια, κτίριο Διοίκησης, κλπ. Λίγο πριν από την καταστροφή, το Πανεπιστήμιο ήταν έτοιμο να λειτουργήσει.
Ως προς τις εγκαταστάσεις και τον εξοπλισμό του, μπορούσε να συγκριθεί με τα μεγαλύτερα ευρωπαϊκά πανεπιστήμια. Ήταν έτοιμο να ανοίξει τις πύλες του στους πρώτους φοιτητές όμως δεν πρόλαβε να λειτουργήσει γιατί ήρθε η καταστροφή. Ο Γ. Καραθεοδωρή κατά την αναχώρησή του από την Σμύρνη (8 Σεπτεμβρίου 1922, με το πλοίο «Νάξος»), γεμάτος απογοήτευση, διέσωσε τα αρχεία του Πανεπιστημίου, τμήμα του εργαστηριακού εξοπλισμού και έναν σημαντικό αριθμό τόμων της βιβλιοθήκης.
Υπάρχουν έγραφες και μη, μαρτυρίες της εποχής εκείνης που αναφέρουν ότι ο Κ. Καραθεοδωρή αναχώρησε κυριολεκτικά τελευταία στιγμή και με κίνδυνο της ζωής του προκειμένου να επιβιβάσει σε πλοίο τα όσα με τόση επιμέλεια μετέφερε από την Ευρώπη για το πανεπιστήμιο της Σμύρνης.
Όταν έρχεται η καταστροφή είναι από τους τελευταίους που προλαβαίνει να σωθεί. Από τις σχετικές Ελληνικές μαρτυρίες που υπάρχουν για το γεγονός αυτό ο Θ. Δανιηλίδης στο προσωπικό του ημερολόγιο έγραφε: «Ήμουν έτοιμος να αποπλεύσω με μία κατάμεστη βάρκα, όταν είδα στην προκυμαία τον καθηγητή. Τον έκανα νόημα να έρθει, αλλά αυτός προσπαθούσε να παρηγορήσει μία γριούλα. Σχεδόν σηκωτό τον πήγα στη βάρκα ενώ αυτός στιγμή δεν έπαψε να έχει στραμμένη την κεφαλή του προς τη μεριά της Σμύρνης αμίλητος και δακρυσμένος».
Με πολύ γλαφυρό και δραματικό τρόπο αποδίδει στο βιβλίο του «Η μάστιγα της Ασίας» την τελευταία αυτή σκηνή ο τότε Αμερικανός πρόξενος στην περιοχή George Horton: «Με την αναχώρησή του (του Καραθεοδωρή) έφυγε από την Ανατολή η ενσάρκωση της ελληνικής ιδιοφυΐας, του πολιτισμού και της παιδείας».
Ο σπουδαίος μαθηματικός ήταν ο τελευταίος που εγκατέλειψε το επιβλητικό κτίριο -πού σήμερα λειτουργεί ως νοσοκομείο- στον λόφο του Μπαχρή Μπαμπά, γυρίζοντας κυριολεκτικά συγκλονισμένος στην κλειδαριά της εξώπορτας το μεγάλο κλειδί που παρέδωσε αργότερα συμβολικά στον Νικόλαο Πλαστήρα. Το πολύτιμο υλικό που κατάφερε ο Καραθεοδωρή με χίλιες δυσκολίες να περισώσει από την Σμύρνη παρέδωσε αργότερα στον καθηγητή Δημήτριο Χόνδρο στην Αθήνα. Το συγκεκριμένο αρχείο, τα βιβλία και τα όργανα διαφυλάχθηκαν με την φροντίδα των καθηγητών Μιχαήλ Αναστασιάδη, Θεόδωρου Κουγιουμζέλη, Σαλτερή Περιστεράκη και Καίσαρα Αλεξόπουλου. Τώρα είναι αποθησαυρισμένα στο Μουσείο Φυσικών Επιστημών και Τεχνολογίας του Πανεπιστημίου Αθηνών.
Σήμερα, εννιά περίπου δεκαετίες μετά την Καταστροφή, το Πανεπιστήμιο της Σμύρνης, που δεν έμελλε να ανοίξει τις πύλες του ούτε για μία μέρα, το εμπνευσμένο αυτό όραμα του Κωνσταντίνου Καραθεοδωρή και του Ελευθέριου Βενιζέλου, το πλέον νεωτεριστικό ανώτατο εκπαιδευτικό ίδρυμα της «καθ’ ημάς Ανατολής» αποτελεί φωτεινό σηματωρό στον ορίζοντα των γραμμάτων και του πολιτισμού του νεότερου Ελληνισμού.
Το Πανεπιστήμιο Αιγαίου αποτελεί συνέχεια του οράματος του Κωνσταντίνου Καραθεοδωρή. Επανιδρύθηκε το 1984 και είναι ένα από τα νεότερα Πανεπιστήμια στην Ελλάδα Σήμερα, σχεδόν μια εικοσαετία μετά, έχοντας ολοκληρώσει τη δεύτερη φάση ανάπτυξής του, με 16 Τμήματα, 15 Προγράμματα Μεταπτυχιακών Σπουδών και 1 Πρόγραμμα Σπουδών Επιλογής, το Πανεπιστήμιο Αιγαίου κατατάσσεται ανάμεσα στα μεγαλύτερα Πανεπιστήμια της χώρας. Διοικητική έδρα του Πανεπιστημίου Αιγαίου είναι η Μυτιλήνη, ενώ Σχολές και Τμήματά του λειτουργούν σήμερα στις νησιωτικές πόλεις της Μυτιλήνης, της Χίου, του Καρλοβάσου, της Ρόδου και της Ερμούπολης, συγκροτώντας ένα Πανεπιστήμιο – Δίκτυο που καλύπτει όλους τους Νομούς του Αιγαίου.
Κύριο χαρακτηριστικό των τμημάτων του Πανεπιστημίου Αιγαίου είναι η ανάπτυξη νέων γνωστικών αντικειμένων, συνήθως διεπιστημονικών, τα οποία ανταποκρίνονται τόσο στις ανάγκες της σύγχρονης ελληνικής και παγκόσμιας κοινωνίας, όσο και στις απαιτήσεις και προσδοκίες των φοιτητών του για σπουδές υψηλής επιστημονικής αξίας, σε συνδυασμό με άριστες προοπτικές επαγγελματικής ανάδειξης.
Πηγές: